2008年04月29日
分子モデルを作る （スクリプトの勉強中です）
セカンドライフで化学の勉強しましょう～。
● 炭素多面体フラーレン （fullerene）
分子式：C60
● ガスハイドレート （Gas Hydrate Cage Type_H）
前回の記事 「Blenderで描いたベジエ曲線座標をスクリプトで取り込む」 を読んでくださった、理科の先生から
「分子構造を作れたらおもしろいですね。」
とメールを頂いたので、スクリプトの勉強を兼ねて試してみました。
● リンデンスクリプトでＰＤＢファイルを読み込む。(PDB：蛋白質構造データバンクProtein Data Bank)
PDBファイルの抜粋ですが、こんなフォーマットです。
（NH3：アンモニア）
HETATM 1 N -0.010 -0.005 -0.123
HETATM 2 H -0.512 0.840 -0.252
HETATM 3 H -0.516 -0.842 -0.281
HETATM 4 H 0.935 -0.002 -0.425
CONECT 1 2 3 4
CONECT 2 1
CONECT 3 1
CONECT 4 1
END
見てすぐわかるとおり、Uniq ID、原子名、空間座標、結合情報、からできてます。
これを、スクリプトで読み込んで、スフィアやシリンダをＲＥＺしただけです。
PerlやRuby等で、PDBをOBJ形式に変換すれば、BlenderやShadeで読み込むこともできます。
昔、学校で建築ＣＡＤの授業があって、操作のほかに、いろいろ作画コマンドをＣ言語で作ったん
ですが、（壁と床が接しているかの干渉計算とか、ベクトルの計算とか）
そのころの知識が意外と役立ちそうな気がします。＾＾;
● Cyclodex （酵素の一種）
● 芳香族や炭素多面体などには、アクセサリにも使えそうな形がたくさんあります。^^
● 宇宙ステーションが作れそうです。
【使用上の注意】
１．できた分子構造に、物理属性を与えるのはやめましょう （特に斜面の土地などで。。。。） ＾＾；
２．作りすぎに注意しましょう。 （ＤＮＡ核酸をＲＥＺしたいな～。。）
